Analisis Kekerabatan Plasma Nutfah Tanaman Kantong Semar

Putri Lukmanasari; Zulkifli MS; Ernita MP; Restari Utari Putri; Meli Roslianti

doi:10.22146/veg.92938

Analisis Kekerabatan Plasma Nutfah Tanaman Kantong Semar

https://doi.org/10.22146/veg.92938

Putri Lukmanasari^(1*), Zulkifli MS⁽²⁾, Ernita MP⁽³⁾, Restari Utari Putri⁽⁴⁾, Meli Roslianti⁽⁵⁾

(1) Universitas Islam Riau
(2) Universitas Islam Riau
(3) Universitas Islam Riau
(4) Institut Teknologi dan Bisnis Indragiri
(5) Institut Teknologi Rokan Hilir
(*) Corresponding Author

Abstract

Nepenthes dikenal dengan sebutan nama kantong semar yang merupakan satu flora unik dan menarik yang telah banyak dikembangkan sebagai tanaman hias. Jenis ini memiliki daya tarik bukan pada bunganya melainkan kantongnya yang beranekaragam baik bentuk maupun warnanya. Keragaman pada beberapa spesies dan hybrid kantong semar dapat diketahui berdasarkan karakterisasi molekuler. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk menghitung nilai keragaman genetic serta menguji hubungan kekerabatan Nepenthes di Indonesia berdasarkan molekuler dengan primer RAPD. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 41 spesies dan hybrid kantong semar yang terdiri dari 3 individu yang diperoleh dari hasil eksplorasi di penangkaran kantong semar Yagiza Nursery, Insectivorous plants Nursery, Komunitas Nepenthes Tulungagung dan Venom Nursery. Analisis DNA secara molekuler dilakukan di laboratorium genetika dan pemuliaan tanaman, Departemen Budidaya Pertanian, Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada (UGM). Sebanyak 3 primer RAPD digunakan untuk melakukan pengamatan molekuler yaitu OPD 8, OPC 2 dan OPC15. Karakterisasi berdasarkan molekuler menunjukkan bahwa pita DNA hasil amplifikasi yang dihasilkan oleh setiap primer memiliki jumlah yang beragam. Pada 3 primer RAPD (OPD 8, OPC 2 dan OPC15) terdapat 85 lokus 1370 pita DNA dengan ukuran sebesar 150-1750 bp yang juga memiliki tingkat polimorfik 100%. Menunjukkan bahwa koefisien kemiripan genetic 41 genotipe nepenthes berdasarkan penanda molekuler RAPD berkisar antara 0,7- 1. Analisis berdasarkan molekuler RAPD merupakan sekuens spesifik yang terdapat dalam DNA tanaman yang relatif tidak dipengaruhi oleh lingkungan.

Keywords

Nepenthes; Molekular; RAPD

Full Text:

PDF

References

Arifiyanti, R.2015. Variasi genetik tanaman melon (Cucumis melo L) berdasarkan penanda molekuler Inter-Simple sequence repeat. Skripsi. Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada.

Bora, L., Singh, A. K., Kumar, A., & Metwal, M. (2018). Morphological and microsatellite marker based polymorphic assesment of genetic diversity and reationship of mango (Mangifera indica L.). Indian Journal of Biotechlogy, 17, 91-100

Dangi RK., MD. Lagu, LB. Choudhary, PK. Ranjekar and VS. Gupta. 2004. Assessment of genetik diversity in Trigonella foenum-graecum and Trigonella caerulea using ISSR nd RAPD markers. BMC Plant Biology 4: 13.

Doyle, J.J dan J. L. Doyle. 1989. Isolation of Plant DNA from Fresh Tissue. Focus 12 (1) : 13 – 15

Havey, M. 2018. Onion Breeding. Plant Breeding Reviews 42: 39-85.

Jebb, M.H.P. & M. Cheek. 1997. A Skeletal Revision of Nepenthes (Nepenthaceae). Blumea 42 (1)

Kulyan, R.; Samarina, L.; Shkhalakhova, R.; Kuleshov, A.; Ukhatova, Y.; Antonova, O.; Koninskaya, N.; Matskiv, A.; Malyarovskaya, V.; Ryndin, A. InDel and SCoT Markers for Genetic Diversity Analysis in a Citrus Collection from the Western Caucasus. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 8276. https://doi.org/10.3390/ ijms24098276

Kumar, M., Kim, S. R., Sharma, P. C., & Pareek, A. (2015). Simple and efficient way to detect small polymorphic bands in plants. Genomics Data, 5, 218–222. doi:10.1016/j.gdata.2015.06.006

Lukmanasari, Putri. 2018. Uji Konsentrasi Propolis Dan BAP Terhadap Pertumbuhan Kantong Semar (Nepenthes alata) Pada Perbanyakan Secara In-Vitro. Skripsi. Fakultas Pertanian Universitas Islam Riau.

Mansur, M. 2006. Nepenthes, Kantong Semar yang Unik. Penebar Swadaya. Jakarta.

Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetiks. New York (USA): Columbia University Press. pp 192-107.

Nongrum I, Shrawan.K, Suman.K.Pramod.T. 2012. Genetik Variation and gene flow estimation of Nepenthes Khasiana Hook F.A.Threated Insectivorus Plant of India as Recaled by RAPD Markers. J.Crop sia Biotech.15(2):101-105

Pereira-Dias, L.; Vilanova, S.; Fita, A.; Prohens, J.; Rodríguez-Burruez. 2019. A. Genetic diversity, population structure, and relationships in a collection of pepper (Capsicum spp.) landraces from the Spanish centre of diversity revealed by genotyping-by-sequencing (GBS). Hort. Res., 6, 54.

Probojati RT, Wahyudi D, Hapsari L. 2019. Clustering analysis and genome inference of pisang raja local cultivars (Musa spp.) from Java Island by Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) marker. J TropBiodiversBiotechnol4(2): 42-53.DOI: 10.22146/jtbb.44047

Razak, S. A. B., Azman, N. H. E. N., Ismail, S. N., Yusof, M. F. M., Arrifin, M. A. T., Sabdin, Z. H. M., Hassan, M. H. M., Nasir, K. H., Sani, M. A., & Abdullah, N. (2019). Assessment of diversity and population structure of mango (Mangifera indica L.) germplasm based on microsatellite (SSR) markers. Australian Journal of Crop Science, 13(02), 315-320.

Seesang. J., Sripichitt, P. and Sreewongchai, T. (2014). Heterosis and inheritance of fertility-restorer genes in rice. Sci. Asia. 40: 48-52. https://doi.org/10.2306/scienceasia1513-1874.2014.40.048

Vogt, G. Environmental Adaptation of Genetically Uniform Organisms with the Help of Epigenetic Mechanisms—An Insightful Perspective on Ecoepigenetics. Epigenomes 2023, 7, 1. https:// doi.org/10.3390/epigenomes7010001

Wang, F., H. Tian, H. Yi, H. Zhao, Y. Huo, M. Kuang, L. Zhang, Y. Lv, M. Ding and J. Zhao. 2019. Principle and Strategy of DNA Fingerprint Identification of Plant Variety. Mol. Plant Breed. 10. DOI: 10.5376/ mpb.2019.10.0011.

Wu, Q., Zang, F., Ma, Y., Zheng, Y., & Zang, D. (2020). Analysis of genetic diversity and population structure in endangered Populus wulianensis based on 18 newly developed EST-SSR markers. Global Ecology and Conservation, 24, e01329. doi:10.1016/j.gecco.2020.e01329

Yamanaka, S., Hosaka, F., Matsumura, M., Makishi, Y. O., Nashima, K., Urasaki, N., Ogata, T., Shoda, M., & Yamamoto, T. (2019). Genetic diversity and relatedness of mango cultivars assessed by SSR markers. Breeding Science, 69, 332–344

Yani, R. H., Khumaida, N., Ardie, S. W., & Syukur, M. (2018). Analysis of variance, heritability, correlation and selection character of M1V3 generation cassava (Manihot esculenta Crantz) mutants. AGRIVITA Journal of Agricultural Science, 40(1), 74–79. http://doi.org/10.17503/agrivita.v40i1.844

Zulfahmi.(2013). “Penanda DNA untuk Analisis Genetik Tanaman”.Jurnal Agroteknologi 3(2), hlm. 41-52.

DOI: https://doi.org/10.22146/veg.92938