Deteksi Gen Ketahanan Hawar Daun Bakteri Xa21 pada Padi ( Oryza sativa  L.) Hitam dan Merah Lokal Indonesia

Andi Setiawan; Alfino Sebastian; Yekti Asih Purwestri

doi:10.22146/veg.36625

Deteksi Gen Ketahanan Hawar Daun Bakteri Xa21 pada Padi (Oryza sativa L.) Hitam dan Merah Lokal Indonesia

https://doi.org/10.22146/veg.36625

Andi Setiawan^(1*), Alfino Sebastian⁽²⁾, Yekti Asih Purwestri⁽³⁾

(1) Laboratorium Biokimia, Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada
(2) Pusat Studi Bioteknologi, Universitas Gadjah Mada
(3) Pusat Studi Bioteknologi, Universitas Gadjah Mada
(*) Corresponding Author

Abstract

Beras berpigmen mulai popular dikonsumsi oleh masyarakat sebagai bahan pangan fungsional. Tetapi, terdapat faktor pembatas produksi beras berpigmen yaitu penyakit hawar daun bakteri yang disebabkan oleh Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (Xoo). Penggunaan varietas tahan yang memiliki gen ketahanan Xa dinilai efektif untuk menanggulangi masalah penurunan hasil padi. Gen Xa ini antara lain terdiri dari gen Xa21. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan gen ketahanan hawar daun bakteri Xa21 pada padi hitam kultivar Sembada Hitam, Cempo Ireng, Melik dan Hitam Toraja serta padi merah kultivar Aek sibondang, Merah Sumbawa, Segreng, dan Pari Eja di Indonesia. Metode penelitian meliputi isolasi genom padi, pengecekan hasil isolasi DNA dengan elektroforesis gel agarosa (0,8%), pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA, amplifikasi DNA primer pTA248, dan analisis data. Hasil penelitian ini mendeteksi keberadaan gen Xa21 pada semua kultivar padi hitam dan merah tersebut dengan dengan sifat tahan.

Keywords

gen Xa21; HDB; padi hitam; padi merah

Full Text:

AndiPDF

References

Badan Pusat Statistika. Data sensus penduduk Tahun 2020. www.bps.go.id. Diakses pada 10 Maret 2021.

Deng, G.F., X.R. Xu, Y. Zhang, Li, R.Y. Gan, & H.B. Li. 2013. Phenolic compounds and bioactivities of pigmented rice. Critical Reviews in Food Science and Nutriton, 53: 296-306.

Dossa, G.S., A. Spark, C.V. Cruz, and R. Olivia. 2015. Decision tools for bacterial blight resistance gene deployment in rice-based agricultural ecosystems. Frontiers in Plant Science, 6(305):1-5.

Farrel, R. E. 2010. RNA Methodologies. Academic Press. London.

Irmawati. 2003. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi Pertama Pada Stok Hatchery. Thesis. Bogor: IPB.

Kadir, T.S. 2009. Menangkal HDB dengan menggilir varietas. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian, 31(5):1-3.

Khan, M.A., M. Naeem, and M. Iqbal. 2014. Breeding approaches for bacterial leaf blight resistance in rice (Oryza sativa L.) current status and future directions. European Journal Plant Pathology, 139:27-37.

Nafisah, A.A., B. Daradjat, Suprihatno, dan T.S. Kadir. 2007. Ketahanan padi terhadap hawar daun bakteri. Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 26(2):100-105.

Ogawa, T. 1993. Methods and strategy for monitoring race distribution and identification of resistance genes to bacterial leaf blight (Xanthomonas campestris pv. oryzae) in rice. JARQ, 27: 71-80.

Prasetya, O. W. 2014. Identifikasi Marka Gen Ketahanan Hawar Daun Bakteri Pada Galur Padi Introduksi dan Galur Dihaploid. Tesis. Program Studi Biologi Tumbuhan. Sekolah Pascasarjana Institu Pertanian Bogor.

Priya, P. R., Selastin Antony, R., Gopalaswamy, G. et al. 2016. Development of sequence-characterized amplified region (SCAR) markers as a quality standard of inoculants based on Azospirillum . Arch Microbiol, 198:257–267.

Rao, K.K., K.K. Jena, and M.L. Narasu. 2003. Molecular Tagging of a New Bacterial Blight Resistence Gene in Rice Using RAPD and SSR Markers
Sambrook J, Russell DW. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 3rd edition. Laboratory Pr. New York.

Saumi, R. 2017. Deteksi Gen Ketahanan Hawar Daun Bakteri Xa7 Dan Xa21 Pada Tiga Kultivar Lokal Padi Hitam (Oryza Sativa L.) Di Yogyakarta. Skripsi. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada

Sundaram, R.M., Laha, G.S., Viraktamath, B.C., Sujatha, K., Natarajkumar, P., Hari, Y., Srinivasa Rao, K., Reddy, C.S., Balachandran, S.M., Madhav, M.S., Hajira, S.K., Rani N.S., Vishnupriya, M.R and Sonti, R.V. 2011. Marker Assisted Breeding For Development Of Bacterial Blight Resistant Rice. In: K. Muralidharan and E.A. Siddiq (eds.) Genomics and Crop Improvement: Relevance and Reservations, Institute of Biotechnology, Acharya NG Ranga Agricultural University, Hyderabad 500 030 India (pp: 154-182)

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlay. Berlin Heidelberg. Germany.

Swamy, P., Panchbhai, A. N., Dodiya, P., Naik, V., Panchbhai, S. D., Zehr, U. B., Char, B. R. 2006. Evaluation of bacterial blight resistance in rice lines carrying multiple resistance genes and Xa21 transgenic lines. Current Science, 90(6):818–824.

Titrawani. 1996. Biodiversiti Kodok Genus Rana Ditijau dari Morfologi, Kariotip dan Pola Protein di Kodya Sawahlunto. Program Pasca Sarjana. Institut Pertanian Bogor:76.

Wang G., Mackill DJ, Bonman JM, Mccouch SR and Champoux MC. 1994. RFLP mapping of genes conferring complete and partial resistance to blast in a durably resistant rice cultivar. Genetics 136:1421–1434.

Wening, R. H., & Susanto, U. 2016. Varietas Unggul Padi Tahan Hawar Daun Bakteri : Perakitan dan Penyebaran di Sentra Produksi Developed Bacterial Leaf Blight Resistant Rice Variety : Its Breeding and Adoption in the Production Center Areas. Iptek Tanaman Pangan, 11(2):119–126.

Yamasaki, R.A.D, N. Murata, and T. Suwa. 2006. Studies on the culture of Xanthhomonas oryzae. Joernal Bacteriol, 42:946–949.

DOI: https://doi.org/10.22146/veg.36625