Studi Docking Molekuler Senyawa Dalam Minyak Atsiri Pala (Myristica fragrans H.) Dan Senyawa Turunan Miristisin Terhadap Target Terapi Kanker Kulit

https://doi.org/10.22146/farmaseutik.v17i2.59297

Alfian Bagas Pratama(1*), Rina Herowati(2), Hery Muhamad Ansory(3)

(1) Fakultas Farmasi, Universitas Setia Budi
(2) Fakultas Farmasi, Universitas Setia Budi
(3) Fakultas Farmasi, Universitas Setia Budi
(*) Corresponding Author

Abstract


Kanker kulit adalah penyakit di mana kulit kehilangan kemampuannya untuk regenerasi dan tumbuh secara normal. Penyebab umum terjadinya kanker kulit adalah intesitas paparan sinar UVB. Penelitian terdahulu telah membuktikan kandungan senyawa di dalam minyak atsiri pala (Myristica fragrans H.) khususnya miri stsin memiliki khasiat sebagai antioksidan dan efek cytotoxic. Telah dilakukan skrining target molekuler dari kandungan kimia minyak atsiri pala beserta turunan miristisin-nya terhadap target molekuler antikanker kulit antara lain Heat Shock Protein 90 (HSP90A), Prostaglandin Synthase 2 (PTGS2) dan Dihydroorotate Dehidrogenase (DHODH), dan memprediksi interaksi senyawa dari ke 61 ligan uji dengan target molekuler tersebut, kemudian dilakukan docking molekuler menggunakan perangkat lunak PyRx 0.8. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa dalam minyak atsiri pala yaitu Guanicin memiliki nilai ΔGbind yang baik pada  HSP90A dengan nilai -8,2 kkal/mol. Hasil docking antara protein PTGS2 dan DHODH dengan ligan baik dari senyawa dalam minyak atsiri pala maupun senyawa turunan miristisin menunjukkan bahwa hampir semua ligan dapat berinteraksi dengan kedua target dengan ligan yang nilai ΔGbind paling kecil dan memiliki model interaksi terbaik dari senyawa minyak atisi pala adalah asam dihidroguaiaretik, dengan nilai ΔGbind secara berurut-urut sebesar  -8,1 kkal/mol dan -9,3 kkal/mol.


Keywords


kanker kulit; minyak atsiri; Myristica fragrans H.; docking molekuler

Full Text:

PDF


References

Agusta A. 2000. Komponen kimia minyak atsiri pala maba (Myristica succedanea). Majalah farmasi Indonesia 11:103-110. AlSaher MA et al. 2016. Discovery of new heat shock protein 90 inhibitors using virtual co-crystallized pharmacophore generation. J Enzyme Inhib Med Chem 31:64-77. Brenner M, Hearing VJ. 2008. The protective role of melanin against UV damage in human skin. Photochem Photobiol 84:539-49. Brooijmans N. 2009. Docking metods, ligan design, and valdating data sets in the structural genomics era. 11:635-663. Editor: Jenny Gu dan Philip E. Bourne. Structural Bioinformatics, Second Edistion. Chen SJ dan Ren LJ. 2014. Identification of a Potential Anticancer Target of Danshensu by Inverse Docking. Asian Pac J Cancer Prev 15:111- Cole JC, Taylor R. 2005. Comparing Protein-Ligand Docking Progam is Difficult. PubMed Protein 60: 325-32. Cosconati S et al.2010. Virtual Screening with AutoDock: Theory and Practice. Expert Opin Drug Discov 5:597-607 D’Orazio J, Jarrett S, Amaro-Ortiz A, Scott T. 2013. UV radiation and the skin. Int J Mol Sci 14: 12-48. DOI: 10.3390/ijms140612222 Dallakyan S, dan Olson AJ. 2015. Small-Molecule Library Sreening by Docking with PyRx. Hal. 243-250. Dalam Jonathan E. Hempel et al., Chemical Biology: Methode and Protocols, Methods in Molecular Biology 1263. Diyah NW, Siswandono, Suko H, Bambang TP. 2013. Pemodelan Molekul Dan Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Sitotoksik Turunan Benzoilurea Sebagai Antitumor. Berkala Ilmiah Kimia Farmasi 2: 2 Drie JH. 2005. Pharmacophore-Base Virtual Screening: A Practical Prespective. Di dalam: J, Alvarez, & B. Shoichet, Virtual Screening in Drug Discovery (p.169). Boca Raton: CRS Press Fang Y et al. 2016. Geaux dock: accelerating structur-base virtual screening with heterogeneous computing. Plos One 11:1-29. Fikry MA. 2014. Studi penambatan molekul senyawa-senyawa flavonoid dari buah mengkudu (Morinda citrifolia L) pada perosome proliferator-activated receptor-gamma (PPARγ) [Skripsi]. Jakarta: UIN Syarif Hidayatullah. Forli S. et al. 2016. Computational protein-ligan docking and virtual drug screening with the AutoDock suit. Nature Protocols 11:905-919. Hosseini Mohsen et al. 2019. UVB Induced DHODH Upregulation is Driven by STATB, is a Promising Targed for Chemopreventivation and Combnation Therapy of Photocaranogenesis. Oncogenesis. 8:52 Morris G.N dan Lim Wilby M. 2008. Molecular docking. Methods in Molecular Biology. 443: 365-382. Phosrithong N dan Ungwitayatorm J. 2010. Molecular docking study on anticancer activity of plant-derived natural products. Medicinal Chemistry Research 19: 817-835. Piaru SP et al. 2012. Antioxidant and antiangiogenic activities of the essential oils of Myristica fragrans and Morinda citrofolia. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 294-298. Rowlinson SW et al. 2003. A novel mechanism of cyclooxygenase-2 inhibition involving interactions with Ser-530 and Tyr-385. J Biol Chem. 278(46). Suthagar et al. 2012. Antioxidant and antiangiogenic activities of the essential oils of Myristica fragrans and Morinda citrifolia. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 294-298. Young DW et al. 2007. Integrating High-Content Screening and Ligan-Target Prediction To Identify Mechanism of Action. Nat Chem Bio 4: 59-68.



DOI: https://doi.org/10.22146/farmaseutik.v17i2.59297

Article Metrics

Abstract views : 197 | views : 93

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Majalah Farmaseutik Indexed by:

   
 
 
Creative Commons License