Langkah-Langkah Optimasi PCR

Abstract

Salah satu teknik analisa genetika adalah PCR (Polymerase Chain Reaction). Sebelum dilakukan PCR dengan sampel penelitian, perlu dilakukan optimasi agar didapatkan komposisi dan kondisi PCR yang sesuai sehingga mendapatkan hasil PCR yang optimal. Seorang Pranata Laboratorium Pendidikan (PLP) ataupun teknisi laboratorium dalam mendampingi peneliti atau mengerjakan penelitian dengan PCR seharusnya mengetahui langkah-langkah yang dilakukan jika sampel dan reagen sudah siap.

Tulisan ini diharapkan mampu memberikan gambaran kepada PLP-teknisi laboratorium ataupun peneliti baru yang akan mengerjakan penelitian dengan PCR.

Optimasi PCR bisa dilakukan dengan variasi komposisi PCR ataupun variasi tahapan PCR. Pada tulisan ini langkah-langkah  PCR dijelaskan dengan contoh optimasi gena TCF7L2 (Transcription Factor 7-Like 2) dengan ukuran produk PCR 113 bp, optimasi ini dilakukan dengan variasi konsentrasi primer dan variasi tahapan PCR yaitu suhu annealing.

Penelitian ini dimulai dengan  mengencerkan primer menjadi 100 uMol, kemudian membuat variasi konsentrasi primer yaitu 2,5 uMol, 5 uMol, dan 10 uMol.  Suhu annealing (Ta) dihitung dari rata-rata suhu Melting (Tm ) primer Forward dan Primer Reverse dikurangi 5, kemudian melakukan PCR dengan variasi primer dan variasi suhu annealing yaitu 47 ̊C, 49 ̊C, 51 ̊C, dan 53 ̊C. Produk PCR di elektroforesis dan didokumentasikan hasilnya dengan Gel document dan  gambar hasil elektroforesis dibandingkan secara visual.

Produk PCR pada masing-masing konsentrasi primer dan masing-masing suhu annealing didapatkan band yang tebal, terang dan sesuai ukuran (target) dan konsentrasi primer yang menghasilkan band yang optimal adalah 2,5 uMol, dan Suhu annealing yang yang optimal adalah 53 ̊C.