Komparasi Lima Jenis Primer Polymerase Chain Reaction Untuk Mengidentifikasi Kelamin Burung Famili Columbidae Yang Akurat

Fauziah Fitriana; Riza Resita; Yuda Disastra; Gioknio Happy Alfatik; Clara Ajeng Artdita; Aris Haryanto; Fatkhanuddin Aziz

doi:10.22146/jsv.68787

Komparasi Lima Jenis Primer Polymerase Chain Reaction Untuk Mengidentifikasi Kelamin Burung Famili Columbidae Yang Akurat

https://doi.org/10.22146/jsv.68787

Fauziah Fitriana⁽¹⁾, Riza Resita⁽²⁾, Yuda Disastra⁽³⁾, Gioknio Happy Alfatik⁽⁴⁾, Clara Ajeng Artdita⁽⁵⁾, Aris Haryanto⁽⁶⁾, Fatkhanuddin Aziz^(7*)

(1) Department of Bioresources Technology and Veterinary, Vocational College, University of Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
(2) Department of Bioresources Technology and Veterinary, Vocational College, University of Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
(3) Department of Bioresources Technology and Veterinary, Vocational College, University of Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
(4) Department of Bioresources Technology and Veterinary, Vocational College, University of Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
(5) Department of Bioresources Technology and Veterinary, Vocational College, University of Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
(6) Departemen Biokimia dan Biologi Molekuler, Fakultas Kedokteran Hewan, UGM
(7) Department of Bioresources Technology and Veterinary, Vocational College, University of Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
(*) Corresponding Author

Abstract

Penentuan jenis kelamin pada beberapa spesies burung cukup sulit dilakukan dikarenakan jantan dan betina memiliki ciri morfologi yang sama (monomorfik), salah satunya famili Columbidae. Teknik penentuan jenis kelamin burung secara molekuler yang populer adalah metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan gen target Chromo Helicase DNA-binding (CHD), namun keberhasilan amplifikasi gen target pada PCR tersebut dipengaruhi salah satunya kesesuaian DNA template dengan primer yang digunakan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi 5 jenis primer PCR P2/P8, 2550F/2718R, CHD1F/CHD1R, 1237L/1272H dan CHD1LF/CHD1LR untuk menentukan jenis kelamin famili Columbidae. Penelitian ini dilakukan dengan menguji 5 jenis primer tersebut di atas pada sampel DNA tiap pasang jantan dan betina dari burung merpati, balam jambi, punai, derkuku, dan perkutut. Hasil penelitian diketahui primer CHD1LF/CHD1LR menunjukkan hasil terbaik dan direkomendasikan untuk menentukan jenis kelamin famili Columbidae.

Keywords

Columbidae; jenis kelamin; PCR; primer

Full Text:

PDF

References

Akrom, A. M., Indarjulianto, S., Susmiati, T., Raharjo, S., Permana., R. G. S. dan Sitompul, Y. Y. (2020). Swab Bukal Sebagai Bahan Sexing Piyikan Burung Kenari (Serinus canaria) dan Burung Merpati (Columba livia). Jurnal Sain Veteriner. 38 (1): 31-36. Ciorpac, M., Druica, R. C., Ghiorghita, G., Cojocaru, D. and GORGAN, D. L. (2016). CHD genes: a reliable marker for bird populations and phylogenetic analysis? Case study of the superfamily Sylvioidea (Aves: Passeriformes). Turkish Journal of Zoology. 40 (5): 749-757. Disastra, Y. (2021). Validasi Jenis Kelamin Burung Famili Columbidae dari Informasi Penjual Dibandingkan dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Nekropsi. Proyek Akhir. Sekolah Vokasi Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Eprilurahman, R., Asti, H. A., Hadisusanto, S., Yudha, D. S., Trijoko., Ramadani, R. S., Pranoto, F. S. dan Muhtianda, I. A. (2018). KEKAYAAN FAUNA GIANYAR, BALI: Udang, Ikan, Amfibi, Reptil, Burung dan Mamalia. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta. Fridolfsson, A. K. and Ellegren, H. (1999). A Simple and Universal Method for Molecular Sexing of Non-Ratite Birds. Journal of Avian Biology. 30 (1): 116-121. Green, M. R. and Sambrook, J. (2019). Polymerase chain reaction. Cold Spring Harbor Protocols, 2019 (6). Griffiths, R., Double, M. C., Orr, K. and Dawson, R. J. G. (1998). A DNA test to sex most birds. Molecular Ecology. 7 (8): 1071-1075. Huang, H. W., Su, Y. F., Yao, C. T., Hung, Y. C., Chen, C. C., Cheng, C. C., Lung, S. L. and Chang, H. W. (2011). High-throughput gender Columbidae identification of three species using melting curve analysis. Theriogenology. 75 (1): 73-79. Kahn, N. W., John, J. S. and Quinn, T. W. (1998). Chromosome-specific Intron Size Differences in the Avian CHD Gene Provide an Efficient Method for Sex Identification in Birds. The Auk. 115 (4): 1074-1078. Kroczak, A., Wołoszyńska, M., Wierzbicki, H., Kurkowski, M., Grabowski, K. A., Piasecki, T., Piasecki, T., Galosi, L. and Urantówka, A. D. (2021). New Bird Sexing Strategy Developed in the Order Psittaciformes Involves Multiple Markers to Avoid Sex Misidentification: Debunked Myth of the Universal DNA Marker. Genes. 12 (6): 878. Kulibaba, R. O. and Liashenko, Y. V. (2021). Analysis of CHD Gene Polymorphism as a Model Object for Molecular Sexing of Eurasian Eagle-Owl (Bubo bubo). Cytology and Genetics. 55 (4): 324-330. Latumahina, F. S., Sahusilawane, J. F. dan Mardiatmoko, G. (2020). Penyebaran Burung Pada Pulau-Pulau Kecil di Maluku. Deepublish, Yogyakarta. Lee, J. C. I., Tsai, L. C., Hwa, P. Y., Chan, C. L., Huang, A., Chin, S. C., Wang, L. C., Lin, J. T., Linacre, A. and Hsieh, H. M. (2010). A novel strategy for avian species and gender identification using the CHD gene. Molecular and Cellular Probes. 24 (1): 27-31. Liang, S., Chen, M., Gao, C., Yan, H., Zhang, G. and Wang, X. (2019). Sex identification of pigeons using polymerase chain reaction analysis with simple DNA extraction. Avian Biology Research. 12 (2): 45-48. Maciej, M., Joanna, G., Patrycja, F. and Arkadiusz, M. (2017). Determining sex in pigeons (Columba livia). World Scientific News. 73 (2): 109-114. Morinha, F., Cabral, J. A. and Bastos, E. (2012). Molecular sexing of birds: A comparative review of polymerase chain reaction (PCR)-based methods. Theriogenology. 78 (4): 703-714. Nugroho, H. A. dan Zein, M. S. A. 2015. Evaluasi Metode Penentuan Jenis Kelamin pada Nuri Kepala Hitam. Zoo Indonesia. 24 (2): 83-93. Pamulang, Y. V. and Haryanto, A. (2021). Molecular bird sexing on kutilang (Pycnonotus sp.) based on amplification of CHD-Z and CHD-W genes by using polymerase chain reaction method. Biodiversitas Journal of Biological Diversity. 22 (1): 449-452. Purwaningrum, M., Nugroho, H. A., Asvan, M., Karyanti, K., Alviyanto, B., Kusuma, R. and Haryanto, A. (2019). Molecular techniques for sex identification of captive birds. Veterinary World. 12 (9): 1506-1513. Wulansari, W., Yuda, P. dan Zahida, F. (2013). Uji Efektifitas Gen CHD Sebagai Penanda Molekuler untuk Identifikasi Jenis Kelamin pada Burung Air. Jurnal Biologi. pp. 1-8. Vucicevic, M., Stevanov-Pavlovic, M., Stevanovic, J., Jasna, B., Gajic, B., Aleksic, N. and Stanimirovic, Z. (2013). Sex determination in 58 bird species and evaluation of CHD gene as a universal molecular marker in bird sexing. Zoo Biology. 32 (3): 269-276.

DOI: https://doi.org/10.22146/jsv.68787